Nacque a Norimberga nel Febbraio del 1468, si occupò principalmente di astronomia, geografia e matematica.
Fu allievo di Regiomontano e abile costruttore di strumenti per le misurazioni scientifiche.
In ambito matematico si occupò di trigonometria sferica e sezioni coniche, fu il primo ad usare la formula
2sin(a)sin(b) = cos(a - b) - cos(a + b)
come "aiuto" nel calcolo.
Morì a Norimberga nel Maggio del 1522.
Oltre che le formule che portano il suo nome, si devono a Werner anche quelle di prostaferesi.